パトコアの技術ブログ

分子構造の表記方法

技術ブログができたということで、せっかくなので年末の休暇中に読んだ面白い論本について、（だいぶ時間が経ちましたが。。）記事にしたいと思います。分子構造の様々な表記方法についてまとめた総説になっており、大変勉強になりました。

化合物データベースを作成する（JChemBase編）

数百万の化合物構造と構造情報に紐づくデータを安定して管理する方法としてリレーショナルデータベース（以下DB）が広く用いられています。今回は、そのDBのバックエンドで動作し、構造検索などの化学に特化した機能を利用できるようにするJChem Base1について紹介します。

化合物データベースを作成する（Excel編）

化学構造情報と物性値・アッセイデータ・スペクトルデータなどを紐づけたデータベースは多数存在しており、公的・私的な様々な目的で利用されています。特に製薬企業では保有する化合物データベースはR&Dの要であり、数百万もの化合物情報が情報資産として厳重に管理されています。

化合物設計プラットフォームのプラグインについて

ChemAxon社は化合物検索エンジンや化学構造形式変換・名前変換サービスなど、ケモインフォマティクスに関する多くの要素技術を持っています。これらのツールは単体の機能として使われることを想定しており、モジュールとして利用や、コマンドラインツールなどのインターフェースで利用できます。

ケモインフォマティクスツールのコンソールからの利用

前回の投稿ではGUIで操作する化学構造描画ツールの紹介をしました。GUIでの操作は直感的でわかりやすく、人間にとって親切なインターフェースを提供してくれます。一方で、数百-数千の化学情報を一度に変換したい、バッチ処理をしたい、他のツールと連携させたい、といった場合は、コマンドで操作できると便利です。

パトコア技術ブログはじめました

はじめまして。 創薬支援・化学物質管理のためのケモインフォマティクス製品群を取り扱うパトコア株式会社です。「研究者をハッピーにする！」という理念の基、海外のケモインフォマティクス製品の導入支援や、自社開発・受託開発のシステム提供を行っており、製薬・化学分野の研究開発を陰ながら支えています。