パトコアの技術ブログ

構造検索の種類

既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用いた大規模化合物ライブラリーに対する探索が行われています。

JavaScriptで動く化学構造式描画ツール

化学構造式を描画するツールとして、技術ブログ第一回でデスクトップアプリケーションであるMarvinSketchを紹介しました。今回はWebブラウザで動くMarvin JSについての記事となります。

誘導体の構造を生成する

構造活性相関（QSAR・QSPR）の分析を行う上で、主骨格が決まっているが、側鎖の結合位置や種類を変えた多数の構造が欲しい、と思うことがあるかもしれません。また、単に化学的に妥当であるランダムなケミカルスペースがモデルとして必要となる場合もあることでしょう。

分子構造の表記方法

技術ブログができたということで、せっかくなので年末の休暇中に読んだ面白い論本について、（だいぶ時間が経ちましたが。。）記事にしたいと思います。分子構造の様々な表記方法についてまとめた総説になっており、大変勉強になりました。

化合物データベースを作成する（JChemBase編）

数百万の化合物構造と構造情報に紐づくデータを安定して管理する方法としてリレーショナルデータベース（以下DB）が広く用いられています。今回は、そのDBのバックエンドで動作し、構造検索などの化学に特化した機能を利用できるようにするJChem Base1について紹介します。

化合物データベースを作成する（Excel編）

化学構造情報と物性値・アッセイデータ・スペクトルデータなどを紐づけたデータベースは多数存在しており、公的・私的な様々な目的で利用されています。特に製薬企業では保有する化合物データベースはR&Dの要であり、数百万もの化合物情報が情報資産として厳重に管理されています。