パトコアの技術ブログ

類似構造検索について

構造類似検索について、類似度計算方法やフィンガープリントについて詳しく解説。MadFastを使用した超高速検索にも触れ、創薬研究における重要性を紹介。Chemoinformaticsの専門家向けの情報。

ステレオ表記の取り扱い

創薬研究開発の過程では不斉中心を持つ化合物が多く合成されるため、立体異性体（ステレオアイソマー）の化合物情報を管理するための表記方法、構造検索のオプションが用意されています。立体異性体は化学的にいくつかの種類があり、システム上の取り扱いについても複雑です。

構造検索の種類

既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用いた大規模化合物ライブラリーに対する探索が行われています。

化合物データベースを作成する（JChemBase編）

数百万の化合物構造と構造情報に紐づくデータを安定して管理する方法としてリレーショナルデータベース（以下DB）が広く用いられています。今回は、そのDBのバックエンドで動作し、構造検索などの化学に特化した機能を利用できるようにするJChem Base1について紹介します。