パトコアの技術ブログ

類似構造検索について

構造類似検索について、類似度計算方法やフィンガープリントについて詳しく解説。MadFastを使用した超高速検索にも触れ、創薬研究における重要性を紹介。Chemoinformaticsの専門家向けの情報。

ステレオ表記の取り扱い

創薬研究開発の過程では不斉中心を持つ化合物が多く合成されるため、立体異性体（ステレオアイソマー）の化合物情報を管理するための表記方法、構造検索のオプションが用意されています。立体異性体は化学的にいくつかの種類があり、システム上の取り扱いについても複雑です。

構造検索の種類

既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用いた大規模化合物ライブラリーに対する探索が行われています。

分子構造の表記方法

技術ブログができたということで、せっかくなので年末の休暇中に読んだ面白い論本について、（だいぶ時間が経ちましたが。。）記事にしたいと思います。分子構造の様々な表記方法についてまとめた総説になっており、大変勉強になりました。

ケモインフォマティクスツールのコンソールからの利用

前回の投稿ではGUIで操作する化学構造描画ツールの紹介をしました。GUIでの操作は直感的でわかりやすく、人間にとって親切なインターフェースを提供してくれます。一方で、数百-数千の化学情報を一度に変換したい、バッチ処理をしたい、他のツールと連携させたい、といった場合は、コマンドで操作できると便利です。