パトコアの技術ブログ

KNIMEでChemAxonノードを使ってみる

非プログラマーがデータ処理を行う上で便利なツールとしてワークフローツールがあります。有名なものはKNIMEとPipeline Pilotです。この内KNIMEについては無償のオープンソースソフトウェアとして提供されており、気軽に使える点が便利ですね。

Instant JChemによる化合物のクラスタリングと可視化

化合物のクラスタリングと可視化方法について、Instant JChemを使用した手法を紹介。BMF構造を活用し、化合物ライブラリーを効果的にグルーピングする方法を解説。ChemAxon製品に関する詳細もあり。

ステレオ表記の取り扱い

創薬研究開発の過程では不斉中心を持つ化合物が多く合成されるため、立体異性体（ステレオアイソマー）の化合物情報を管理するための表記方法、構造検索のオプションが用意されています。立体異性体は化学的にいくつかの種類があり、システム上の取り扱いについても複雑です。

ペプチドの配列情報を使ったSAR解析

バイオポリマーに関する配列情報を活用したSAR解析の重要性やAltoris社のSARvision|Biologicsツールの機能について解説しています。バイオポリマーの構造活性相関の探索に役立つ情報が満載です。

各種化学計算がMarvinで可能になりました!

2021年の1QにMarvin Sketchのアップデートがあり、Marvin Sketch上で各種化学計算を行えるようになりました。これまでCalculator Pluginsのライセンスを持っていないと正規版として利用できなかったのですが、その制限がなくなったため、Marvin Sketchのライセンスを持っているだけで利用可能になります。

構造検索の種類

既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用いた大規模化合物ライブラリーに対する探索が行われています。