Design Hub 創薬プロジェクトのDX基盤

Design Hub: 革新的な創薬情報プラットフォーム

Design Hubは、「仮説駆動型」および「データ駆動型」アプローチを統合し、創薬の早期段階におけるDMTA(Design, Make, Test, Analyze)サイクルを効率化するための画期的な情報プラットフォームです。コンテンツハブとしての機能も備え、創薬プロセス全体の効率化と成功率向上を実現します。さらに、社外のCROや大学とのコラボレーションを円滑に進めるためのセキュアな情報共有機能を提供し、プロジェクトタスクの効率的な推進をサポートします。

 

 

  • 社内外のタスクの進捗可視化:Design Hubでは、社内外のタスクの進捗状況を一元的に把握できる機能を提供します。これにより、プロジェクトの全体像を把握しやすくなり、効率的なプロジェクト管理が可能になります。
  • 仮説駆動型アプローチのサポート: 研究者間で仮説を簡単に共有する機能を提供し、チーム内での情報共有が容易になります。これにより、仮説の品質向上や効率的な仮説検証が実現されます。
  • データ駆動型アプローチのサポート: 柔軟な「プラグイン」により研究者がデザインした化合物を即座に外部のAIモデルや計算ツールと連携させることができます。これにより、化合物の物性や活性、ADMETに関する予測が迅速に行われ、合理的な化合物のデザインが加速します。各種物性予測や3Dモデリングツールなど、約50種類の充実したプラグインが用意されています。、さらに独自のプラグインを作成して利用することが可能です。
  • セキュアな情報共有: Design Hubは、共同研究先とセキュアに情報を共有することができる機能を提供します。これにより、CROや大学とのコラボレーションが円滑に進められ、プロジェクト全体の効率向上が実現されます。
  • 効率的なDMTAサイクルの実現: Design Hubは、創薬プロセス全体を効率化する機能を提供し、短期間でより多くの化合物を評価することが可能になります。これにより、有望な候補な候補化合物を見つけ出すことが期待されます。
  • 知識の蓄積と活用: コンテンツハブとして、過去の研究データや結果を容易に参照・比較できることで、新たな仮説立案や化合物デザインに役立つ情報が迅速に得られます。また、これにより研究者が過去の失敗から学ぶことが容易になり、創薬プロセス全体の効率化に寄与します。

 

Design Hubは、創薬において有用な情報プラットフォームであり、その活用により創薬プロセスが効率化され、新たな医薬品の開発につながることが期待されます。仮説駆動型とデータ駆動型アプローチの統合により、研究者はより多くの候補化合物を検証できるようになり、研究コストの削減や開発期間の短縮が実現されます。また、市場への導入が促進されることが期待されます。

 

さらなる革新を目指す創薬研究のパートナーとして、Design Hubはあなたのプロジェクトをサポートします。 Design Hubを今すぐ導入し、創薬プロセスの効率化と成功率向上を実現しましょう。仮説駆動型とデータ駆動型アプローチを統合したこの画期的なプラットフォームにより、創薬の未来が切り開かれます。社外のCROや大学とのコラボレーションも円滑に進められるDesign Hubで、創薬プロジェクトをより効果的に推進しましょう。

 

 

化合物設計とリアルタイム分析

Design Hubは個人向けのワークベンチとしても複数のサイエンティストによるブレーンストーミングとしてもお使頂けます。分子構造描画ツール上で構造を編集すると、描画した構造の物性や既知の類似化合物の情報などをリアルタイムで表示し、意思決定を支援します。本機能により、既存化合物ライブラリーデータとの比較や絞り込み、三次元構造の描画によるファーマコフォアモデルの検討まで、高速にアイデアをレビューできます。

ML_realtime-feedback

外部リソースの取り込み

フレキシブルに設計できるプラグイン環境により、社内・社外ライブラリーデータといった外部リソースや、分子シミュレーションツール・パイプラインツールといったChemAxon製品・サードバーティ―モジュールを取り込むことができます。

JavaScriptベースのカスタマイズ可能なプラグインと豊富なテンプレート

REST・SQL・CLI方式による任意のサービスとのデータ連携

プラグイン種類

  • Real-time plugins: 2D分子構造と連携してリアルタイムに結果が反映されます
  • Exporter plugins: 結果を異なるデータフォーマット(SDF, PPTX, DOCX, ELNフォーマット等)で出力します
  • Resolver plugins: 化合物IDから分子構造に変換(Name to Structure)します
  • Storage plugins: 結果をSQLデータベース(Oracle, PostgreSQL, MySQL等)にバックアップします
  • URL integration: 外部アプリケーション(IJC, Plexus等)から分子情報を読み込みます

アイデアとプロジェクトの管理

Design Hubは化合物設計に関わる情報を一元管理することにより、エビデンスに基づいた化合物設計を実現します。
  1. 仮説ごとにオリジナルデータや議論内容をまとめて管理
  2. 構造最適化の検討段階で分析に用いたデータをデザインセットとしてそのまま保存
  3. カンバンボードを用いることで今現在誰が何を担当しているか、進捗状況を可視化

ML_hypothesisManagement

CROへ合成委託時のプロジェクトリーダーの負担低減

創薬業界では、CRO(医薬品開発業務受託機関)へ合成委託するケースが増えています。
専門的な作業を任せることができる一方、CROとの情報授受においては、機密情報の保護などのセキュリティ面にも細心の注意を配る必要があるため、プロジェクトリーダーの負担は益々増えています。
Design Hubは一つのシステム上で社内のみならずCROの作業管理が可能です。会社または個人単位で見れるもの・見れないものなどの設定が可能な為、安全に社内外の作業を一元管理できます。
詳しくは以下の動画をご覧ください。

新バージョン24.1.6がリリースされました

以下の新機能が利用可能です

  1. カスタム計算式
  2. Rグループ分析
  3. 反応エニュメレーション
  4. プロジェクトデータの条件付き書式
  5. オンボーディングガイド
  6. スプレッドシート内のリンク

 

Design Hubホワイトペーパー

全ての資料はiPROSからダウンロードできます。以下、それぞれのダウンロードボタンを押下するとiPROSにリンクします。
Design Hubに関する資料はこちら。

 

創薬DMTAにおける共創環境に関する解説資料はこちら。

 

DMTAサイクルにおけるCROとの連携に関する解説資料はこちら。

 

特許文献を用いた新規薬剤の自動設計に関する解説資料はこちら。

 

活用事例

Design Hubが既存ユーザーにどの様に使用されているか、活用事例をご参照下さい。

導入

DesinHubはSOC2認証取得済みのセキュアなクラウド環境でシングルテナントとしてご利用いただけます。
オンプレミスでのご利用をご希望される場合はコンテナイメージによるセットアップが可能です。
評価版をご試用になれますので、ぜひお問合せ下さい。

Document to Structure

Document to Structure(D2S)は、ドキュメント中からあらゆる化学情報を簡単に抽出するためのツールです。
特許文書の解析、文献の解析、ウェブサイトの解析、その他MS Officeドキュメントの解析などの用途にご利用いただけます。

とくに化学特許の文書は、ページ数が多いうえ、Non-searchable PDF(スキャンで生成されたPDF)の形をとっているため、その中に含まれる化学情報の取り出しや、特定の化学構造の記載位置を探すには多大な労力がかかっていました。D2Sは、そのような“Non Text PDF”にも対応しているので、化学特許の解析業務を一気に効率化することができます

D2Sの特長

  • 幅広い化学情報を認識
  • 幅広いドキュメントフォーマットに対応
  • OCRの典型エラーを自動修正する独自のアルゴリズムで、より正確な変換を実現
  • ドキュメント中の記載位置まで特定できる
  • 画像PDFに対応することで、特許文書の解析で特に威力を発揮(外部ツールとの連携)
  • Instant JChemやJChem for EXCELなど幅広いアプリケーションから利用可能

D2Sが認識する化学情報

  • 化学名(IUPAC名、体系名、一般名、商品名など)
  • CAS番号、自社化合物ID
  • 線形表記(SMILES、SMARTS、InChi)
  • 埋め込み構造式オブジェクト
  • 画像の構造式(外部ツールと連携)
  • キャラクター化されていないPDF(イメージ文書)

D2Sで変換できる文書フォーマット

  • PDF(Text PDF, Non-searchable PDF)
  • TXT
  • HTML
  • XML
  • Microsoft Officeドキュメント (DOC, DOCX, PPT, PPTX, XLS, XLSX)

D2Sが利用できるソフトウェア

さまざまなソフトウェアを介して、化学情報の読み込み・閲覧・解析・加工などを行えます。
  • Instant JChem
  • JChem for EXCEL
  • MarvinView
  • Pipeline Pilot
  • KNIME

関連リンク(英文)

 

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TEL

03-6256-0331
( 平日 9:00 ~ 17:30 )

Elemental Analysisグループ

Elemental Analysis pluginは分子の元素構成に関する以下の値を計算・表示します。本製品はMarvinライセンスでご利用頂けます。
  • Mass: molecular mass
  • Exact mass: molecular mass calculated from the most frequent natural isotopes of the elements
  • Formula: chemical formula of the molecule
  • Isotope formula: chemical formula of the molecule listing isotopes separately
  • Dot-disconnected formula: chemical formula of the molecule separating fragment formulas by dots.
  • Composition: elemental composition (w/w %)
  • Isotope composition: elemental composition listing isotopes separately (w/w %)
  • Atom count: number of atoms in the molecule.

関連リンク(英文)

 

Documentation

 

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GOSTAR|SARデータベース

ExcelraのGOSTARは、化学構造と生物学的、薬理学的、治療学的活性を結びつけることで、数百万の化合物の360度ビューを提供します。

GOSTARを使うだけで、最新の整理されたSAR情報が入手でき、研究に集中できます。

AIモデルを構築するのに、データを集めたり整理したりする必要はありません。

お客様の声

”GOSTARのおかげで、事実上他の方法では不可能な生物・化学空間の領域に参入することができます。”
E-therapeutics社 CTO Jonny Wray 氏
”AIはこれまで考えられなかった方法で創薬に革命を起こしており、X-ChemのRosalindAIは正確でスケーラブル、かつ堅牢なAIツールで先導し、前臨床創薬の変革を可能にしています。Excelraとのコラボレーションにより、GOSTARのデータを活用し、これまでにない方法でAIを実現することができます。”
X-Chem SVP Noor Shaker

最近の共同研究で、RosalindAIのGOSTARデータによる学習で2倍優れたモデルが得られることを確認。
詳細はホワイトペーパーをご覧ください。

 

Success Stories

 

充実したデータ量と質

GOSTARは世界最大の専門家が人手でキュレーションして構築された低分子化合物のデータベースです。

公開データは実に多様ですが、マニュアルキュレーションにより整理・統合・更新されているので、すぐに解析やAIモデルの構築に使うことができます。GOSTARを使うとデータを収集・整理したりすることから解放されるので、あなたの貴重な時間を最も重要な研究活動に集中することができます。

GOSTARは約900万件の低分子化合物と3千万件弱のSARデータポイントを収録した世界最大規模の低分子SARデータベースです。約4千万件から絞り込まれた8万件の特許および1千万件から絞り込まれた20万件の論文記事等から専門家がマニュアル作業により抽出し、所定のルールに基づく標準化・構造化がなされたデータベースです。

データベース全体でデータの標準化、正規化、用語の統制を行い、セマンテック技術(コンピュータが意味を理解可能な形式で情報を扱い、自動処理を可能とする技術)を採用しているため、利用者が意図した情報を容易に検索・解析したり、自動処理したりすることが容易にできます。

化合物のカバレッジ

SARデータポイントの概要

GOSTARのアッセイカテゴリ別データポイント件数

 

オーバービュー

 

高品質なデータがご提供できる理由

NLP(自然言語処理技術)とエキスパートの知性を融合した、ISO900認証済みの品質保証システムを採用しています。

GOSTAR以外のデータベースではコストの安い自動データ収集を採用しています。一方Excelraはコストとデータの質のトレードオフに直面したとき、データの質を選択しました。Excelraでは60名以上の博士取得者を含む約600名の専門家集団を擁しており、さまざまな種類のソースからすべてのデータポイントをキュレートし、抜粋し、精査して、リレーショナルデータ形式に変換しています。コンテンツは、GOSTARに追加する前に、3段階の品質管理分析、標準化、正規化プロセスにかけられます。

Excelraは、厳密さと迅速さを併せ持つ技術を18年以上の経験を通して習得しており、文献や特許の公開わずか数週間で新しい情報を取得・追加し、化学分野の最新情報を常に入手できるようにしています。

 

Excelraは以下の認証を取得しています。

  1. 品質管理システム - ISO 9001:2015
  2. 情報セキュリティ管理システム - ISO/IEC 27000:2013
  3. 事業継続管理システム - ISO 22301:2019
  4. HIPAA コンプライアンス証明書
  5. 個人情報管理システム - BS 10012:2017
  6. PII プロセッサとして機能するパブリック クラウドで PII を保護するための管理システム - ISO/IEC 27018:2019

GOSTAR活用シーン

ターゲットバリデーション

GOSTARは、in vitroおよびin vivo(酵素および細胞ベースモデル)技術により実験的に決定された、既知化合物と標的の定量的結合相互作用を表現する大規模データセットです。AI/MLモデラーは、機械学習技術を使用して、薬剤性モデルを生成し、対象のターゲットの活性化または阻害に関与する未知のメカニズムを予測することができます。

  • 創薬ターゲットの検証用アッセイを特定するためのデータセット
  • 化学的プローブ(参考化合物)関連のデータセット
  • ターゲットの作用機序に関連するデータセット

バーチャルスクリーニング

GOSTARは約1千万もの化合物のリポジトリを持ち、その化学構造は生物学的、薬理学的、治療的情報とリンクしています。AI/MLモデラーは、この情報を利用して、ヒット化合物を発見するための仮想スクリーニングモデルを構築し、検証することができます。

  • バーチャルスクリーニングのためのコンテンツ(構造およびアナログベースのアプローチ)
  • ターゲット周辺の既知かつ多様な化学空間
  • 膨大なSAR空間を利用した新規性評価
  • アクセス容易なフラグメント・スキャフォールドライブラリー

リード最適化

GOSTAR内のSAR、ADMET、物理化学データセットは、リード化合物の仮想最適化研究を行うために使用することができます。特にADMETデータセットは、リード化合物の薬物動態特性を最適化するために使用できる予測モデルの構築と検証に有用です。

  • SARデータセットに着目し、リード化合物の親和性・ポテンシーを最適化するためのモデルを構築
  • 新規性評価とリードシリーズの拡大
  • 安全性と有効性モデル構築のためのin vivo(疾患モデル)データセット

ドラッグリパーパシング/ドラッグリポジショニング

GOSTARは、AI/MLモデラーが、既に承認されている薬剤や臨床研究された化合物の新しい治療用途を探索することをサポートします。データサイエンティストは、前臨床化合物、臨床候補化合物、既承認薬の定量的相互作用によって表される膨大なSARコンテンツをマイニングし、新規の関係性を探索することができます。体系的に捉えられたポリファーマコロジーコンテンツは、新規の関連性を探索し、また再利用候補化合物の安全性と有効性を調査するための豊富なデータプラットフォームを提供します。

ご契約モデル

 

オンラインアクセス

GOSTARのオンラインサービスで、すぐに検索・解析が可能!

ご契約に応じて検索結果もダウンロードできますので、お客様がお持ちのSAR解析ツールで解析したり、AI/ML予測モデルのトレーニングデータセットとしても利用したりできます。

ライセンス形態:ユーザらのユーザーベースのアクセスライセンス及びユーザー数制限の無いコーポレートライセンス

 

GOSTARデータのファイルによる提供

GOSTARの全データ又は特定カテゴリに絞ってご提供致します。お客様の社内システムにデータをインポートして活用したり。大規模なGOSTARのデータを用いてAIモデルの構築が行えます。

データ形式:Oracle、PostgreSQL、MySQL、CSV、TSV、XML、XLS、SDF、RDF

 

カスタムキュレーションサービス

ニッチな研究領域に特化したデータベースの構築など、お客様のご要望に応じてExcelraのマニュアルキュレーションによるデータベース構築をサービスとしてご提供しています。

  • 特許からマーカッシュ構造を抽出し、電子化(ChemaxonのMarkush Editor、Markush Searchで利用可能)
  • 医薬化学ジャーナル、特許、お客様所有のデータ、その他の情報源から、ご要望に基づき条件にマッチしたデータを抽出し、ご指定のフォーマットでデータベースを構築

Excelraアドバンテージは、独自の精選されたデータ資産、深い専門知識、データサイエンスをシームレスに融合することで生まれます。Excelraの多面的なチームは、最先端のテクノロジーを駆使して、大量の異種非構造化データを調和させ、分析します。 データ主導の意思決定により、業務効率を高め、創薬開発のスピードアップを実現し、創薬と医薬品開発を加速させます。 過去18年間、Excelraは、大手製薬会社上位20社のうち15社を含む90社以上のグローバルクライアントから、データおよび分析のパートナーとして選ばれてきました。

Excelraは、500人以上の訓練を受けたデータキュレーター(それぞれが有資格の主題専門家)からなるチームを有しており、複雑なデータ状況を把握し、お客様の創薬ライフサイクルを加速させる化学、生物、医学データを提供することが可能です。

 

Excelra社は以下の提供が可能です

 

  • 膨大な化学物質と構造活性相関を照らし出す、構造化された高品質なデータセット
  • AI-ML創薬モデルのための解析可能なデータセット
  • お客様の社内データとの統合、およびお客様のシステムとの互換性を考慮したデータセット

 

 

Markush構造から個別構造の生成、R-グループ解析解析、特定ターゲット周辺のランドスケープ解析、ADMETデータセット生成など、化学キュレーションのあらゆるニーズにお応えします。

 

GOSTARの詳細は?

 

カタログはこちらから

GOSTARについてのカタログやホワイトペーパーを用意しております。ご所望のカタログ・ホワイトペーパーがございましたら、それぞれのダウンロードボタンを押下し、リンク先のiPROSにてダウンロード下さい。

 

GOSTARに関する資料はこちら。

 

 

 

 

GOSTARにおける機械学習分析に関する資料はこちら。

 

まずは、デモで実際のGOSTARをご覧ください

詳細なデモでGOSTARのデモをご覧頂き、お客様の課題がどのように解決できるのかをご確認下さい。

GOSTARでSARデータの収集や整理、アップデートの煩わしさから解放されましょう。

デモのご依頼、ご質問などは以下のお問合せフォームよりご用命ください。

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hERG Predictor 心毒性予測

創薬プロジェクト全般にわたって、薬物動態と毒性パラメータの最適化は重要な目標となります。hERGカリウムイオン受容体は心臓の正常な電気的活動に寄与していますが、薬物などの異物から干渉されることにより、QT延長症候群や不整脈が引き起こされます。最悪の場合、発現した心毒性により生命が脅かされる事態となります。したがって、候補化合物のスクリーニングや構造最適化により、hERG阻害を起こし得る化合物を早期に検出することが重要になります。

 

ChemAxon社の新しいADMETプラグイングループでは、機械学習の手法をキュレーションされたデータセットに適用し、信頼性の高い予測モデルを作成しています。トレーニング済みモデルを用いてhERG阻害を予測することにより、候補化合物に対する心毒性リスクを評価できます。

 

 

 

hERG阻害を回避した化合物設計(DesignHubでの利用)

 

創薬プロセスでは、設計した化合物のADMETパラメータを最適化し、単一のターゲットタンパク質(人体に存在する約2万個のタンパク質の内)と効果的に相互作用する化合物を探し出す必要があります。

複雑な要素を考慮し、最終的には候補化合物のパラメータがターゲット化合物のプロファイルを満たすようにバランスを取る必要があります。

したがって、設計の際に用いるツールは、化合物の設計に必要なあらゆる情報を提供することが求められます。

 

Design Hubはデータベース検索、物理化学特性の予測、計算モデル、プロジェクトパイプラインなどのツールを統合した理想的な化合物デザインプラットフォームです。

創薬プロジェクトにおけるオンライン上のコラボレーションを実現し、化合物セットのデータ共有や優先順位付けを通じてプロジェクトメンバー間の意思決定をサポートします。

hERG阻害能予測プラグインはDesign Hubからもご利用頂けますので、デザイン中の化合物の心毒性のリスクを確認しながら化合物設計を進めることが可能です。

 

 

 

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Instant JChem Enterprise

高速かつ高度な構造/反応検索をサポート

InstantJChemは化学情報をローカルデータベースで管理する為のデスクトップアプリケーションです。また、サーバーのJChemBaseに対するフロントエンドの機能も提供します。

  • 簡単な操作で化学データベースを構築し、インポート、エクスポート、ブラウジング、構造/反応検索、編集ができます
  • CalculatorPluginsのライセンスを追加すれば、pKaやlogPなどの物性計算機能をInstanJChem内で利用でき、構造が登録された瞬間に物性値も計算できます
  • Standardizerのライセンスを追加すれば、構造式の標準化機能組み込むことができます。

Viz addon:
各種グラフの表示、Spotfireとの連携を可能にします

Viz addonは以下の機能を提供します。
  • Histogram widget:ヒストグラムの表示
  • Scatter plot widget:散布図の表示
  • Radar chart widget:レーダーチャートの表示
  • Box plot widget:ボックスプロットの表示
  • コンディショナルフォーマッティング(値に応じたセルの着色)
  • Spotfire integration:ODataを用いたSpotfireとの連携

※Viz-addonのライセンスは別売のオプションとなりますが、350データポイントまではデモ・モードとして動作致します。

クイックスタートガイド【日本語】

 

クエリ・ソート・データエクスポート【日本語】

書式設定・チャート・データピボット【日本語】

関連リンク(英文)

 

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Instant JChem Standard

高速かつ高度な構造/反応検索をサポート

InstantJChem Standard は化学情報をローカルデータベースで管理する為のデスクトップアプリケーションです。(共有データベースをご利用になる場合はInstantJchem Enterprise をご利用下さい。
  • 簡単な操作で化学データベースを構築し、インポート、エクスポート、ブラウジング、構造/反応検索、編集ができます
  • CalculatorPluginsのライセンスを追加すれば、pKaやlogPなどの物性計算機能をInstanJChem内で利用でき、構造が登録された瞬間に物性値も計算できます
  • Standardizerのライセンスを追加すれば、構造式の標準化機能組み込むことができます。

Viz addon:
各種グラフの表示、Spotfireとの連携を可能にします


Viz addonは以下の機能を提供します。
  • Histogram widget:ヒストグラムの表示
  • Scatter plot widget:散布図の表示
  • Radar chart widget:レーダーチャートの表示
  • Box plot widget:ボックスプロットの表示
  • コンディショナルフォーマッティング(値に応じたセルの着色)
  • Spotfire integration:ODataを用いたSpotfireとの連携

※Viz-addonのライセンスは別売のオプションとなりますが、350データポイントまではデモ・モードとして動作致します。

Instant JChem - Quick Start Guide(クイックスタートガイド)【日本語吹き替え版】

 

Instant JChem - クエリ・ソート・データエクスポート【日本語吹き替え版】

Instant JChem - 書式設定・チャート・データピボット【日本語吹き替え版】

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Isomersグループ

多くの化合物データベース(社内化合物、試薬カタログ情報など)は立体化学や互変異性体の情報が不完全な2D構造により構成されていますが、この為、これらの化合物を3次元化する際、いや応なく立体化学や互変異性の曖昧さを招きます。互変異性体や立体異性体のエニュメレーションはドッキングや3Dサーチ、3D-QSARなどのヴァーチャルスクリーニングへの適用に必須となります。

Stereoisomer Plugin:立体異性体を生成

Stereoisomer Pluginは全ての立体異性体を計算します。本プログラムはテトラヘドラルと立体中心の2重結合の両方を取り扱います。エニュメレーションの際、エネルギー的に不可能なコンフォメーションは除去されます。

Tautomer Plugin:互変異性体の計算

Tautomerization Pluginは互変異性体(Tautomer)を発生し、その後の処理に適した構造を選択できます。

Methods for tautomer enumeration, -searching and -duplicate filtering

Resonance:共鳴構造の生成

分子中のある原子の非共有電子対、ラジカル電子あるいは形式電荷は移動することができます。この移行プロセスの結果が共鳴構造です。ChemAxonのResonance pluginは、安定した共鳴構造を含むすべての共鳴構造を生成します。

 

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JChem Base

高速かつ高度な構造/反応検索をサポート

JChem Baseは高速な検索アルゴリズムを搭載し、完全一致検索、部分構造検索、類似構造検索、スーパーストラクチャー検索、反応検索、マーカッシュ(Markush)構造のハンドリングをサポートしています。
また、これらの検索時には次のような複雑なクエリーを用いることができます。
  • SMARTSのサポート
  • アトムリスト、ノットリスト、スーパーアトム
  • チャージ、アイソトープ、ラジカル
  • 水素数、芳香族/脂肪族原子
  • リングサイズ、コネクティビティー ボンドタイプ、リング/チェイン
  • Rグループ
  • ステレオケミストリー

様々なリレーショナルデータベースをサポート

JChem BaseはOracleをはじめ、SQL Server、MySQL、DB2、PostgreSQLなどをサポートしており、使用目的に合わせて最適なリレーショナルデータベース管理システムを選択できます。
Jchem BaseはGUI管理ツールを提供しており、データベース管理者は容易にテーブルの作成、構造データのインポート/エクスポートができます。

開発効率の高いAPIを提供

JChem BaseはJavaおよび.NET(JNBridge経由)対応の使い易いAPIを提供しております。構造検索や表示、化学的なデータのハンドリングをスムーズに行うことが出来ます。特にWebアプリケーションの開発のし易さで定評があります。

様々なクライアントからアクセスが可能

デスクトップ製品のInstantJChemをはじめWebアプリケーションやEXCEL,Spotfire,SciTegic PipelinePilotなどのサードパーティーアプリケーションからアクセスが可能です。

化学的パラメータの組み合わせ(ケミカルターム)による検索

ケミカルタームとはChemAxonが考案した化学的ルールを記述するための言語で、化合物の物理化学的パラメータなどを複数組み合わせて、検索や条件設定に用いる事ができます。JChem Baseでは、例えば、「任意の部分構造をもつリードライクな化合物」あるいは、「ある構造に類似したバイオアバイラビリティーの優れた化合物」といった 条件で検索が行えるようになります。ケミカールタームで用いるパラメータは、検索実行時にオンザフライで計算されます。予め計算したプロパティーをデータ ベースに格納する必要はありません。(本機能のご利用にはCalculator Pluginが必要です。)

hemistry Infrastructure Migration in Global Pharmaceutical Company: Concerns and Reality

September 2012 Author: Zhenbin Li (Boehringer Ingelheim Pharmaceuticals Inc.)

 

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JChem Engines

ケミカルインテリジェンスをデータベースへ統合

 

化学者と共同開発したJChem Engineは、化学インテリジェンスを研究情報システムと統合し、化学構造検索機能を提供します。わずか数秒で、非常に高い精度を持つ単独検索結果及び複合検索結果を提供します。これにより、研究者は迅速に必要なデータを取得し、研究プロジェクトの次のフェーズへと進むことが可能になります。 JChemエンジンはパフォーマンスの低下を招くことなく数千万のデータセットを効率的に処理する能力を有しています。私たちのソリューションは高性能を発揮し、IT環境にシームレスに統合することが可能です。

データ管理機能は、ChemAxonアプリケーションの多種多様な統合システム全体に広く埋め込まれたコアエンジンであり、研究情報科学システムが依存する高速で目に見えないバックボーンを提供します。

「ケミカルインテリジェンス」をバックエンドで提供し、さまざまなデータベース管理システム(Oracle、PostgreSQL、MySQL、MSSQLなど)に化学情報を格納し、複雑な構造・反応検索検索をはじめとする化学構造を処理するための高度な機能を提供します。

 

 

 

JChem製品

 

JChemは、多様なワークフローと統合プラットフォームのための化学情報学のバックエンドテクノロジーです。

 

  • JChem Base: Javaおよび.NETアプリケーションのコアエンジン
  • JChem Microservices: JChem エンジンをWeb サービスとして提供
  • JChem PostgreSQL Cartridge: PostgreSQLに化学機能を提供
  • JChem Oracle Cartridge: 化学機能をOracleに統合
  • JChem Choral Cartridge: 第二世代のJChemエンジンで化学機能をOracleに統合

 

 

JChem Baseテクノロジー

 

JChem Baseは、化学構造と事前に計算されたメタデータを、構造情報と非構造情報を組み合わせた専用のデータベーステーブルに保存します。このテクノロジーは、微調整されたステレオ検索と互変異性検索、リアクションクエリ(リアクションマッピングを含む)、汎用クエリアトム、Rグループクエリ式、SMARTS文字列など、高速で広範なクエリオプションスペースを提供します。JChemでのクエリの詳細をご覧ください

JChem Baseは、化学物質情報を扱う開発者およびインテグレーター向けの簡単なツールキットです。多種多様な関連ワークフローに適合するために、ChemAxonアプリケーションはネイティブでサポートされています。

 

例:

 

 

 

JChem Microservices

 

最近ではChemAxon製品の様々な機能の領域を小さな個別のサービスモジュール「マイクロサービス」として提供することを開始しました。現時点では次のサービスモジュールを提供しています。

 

 

 

JChem Oracleカートリッジ

 

JChem Oracle Cartridgeは、OracleのSQL言語を拡張し、JChem Baseの化学インテリジェンスをSQLからシームレスに利用できるようにする、ライフサイエンス・化学業界向けのエンタープライズソリューションです。

JChem Oracle Cartridgeの詳細を読む

 

 

 

JChem PostgreSQLカートリッジ

 

最先端のテクノロジーを用いた、高性能な第2世代のJChemエンジンを用いて、PostgreSQLインターフェースにケミカルインテリジェンスを追加します。

JChem PostgreSQLカートリッジを用いると、PostgreSQLデータベースで化学データベース管理および検索機能が出来るようになります。

化学構造を保存するために、カスタムのカラムタイプで「Molecule」という名前が表示されます。

Moleculeカラムは、標準化と互変異性体の取り扱いに関するビジネスルールに基づいてカスタマイズできます。

JChem PostgreSQLカートリッジの詳細を読む

 

 

 

 

JChem Choral

 

最先端のテクノロジーを用いた、高性能な第2世代のJChemエンジンを用いて、Oracleデータベースに化学データベース管理および検索機能を追加します。データベース内の化学構造を処理するために、カスタムインデックスタイプが適用されます。インデックスタイプは、標準化と互変異性体の取り扱いに関するビジネスルールに基づいてカスタマイズできます。

JChem Choralについてもっと読む

 

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