Certainty Discovery
ーフランクフルト 2025/11/4,5

私のネットワークにいらっしゃる皆様はご存じかと思いますが、私は熱心に会議へ参加するタイプです。しかし、本会議は私にとって特別なものでした。もし「ネタバレ」をお望みであれば、結論部分へ直接お進みください。ただし、まずは本記事全体をお読みいただき、ご自身で結論を導かれることをお勧めします。

この2日間のイベントでは、Certara、Chemaxon、そして両社のグローバルな顧客コミュニティの専門性が結集され、科学者および研究インフォマティシャンが創薬においてより高い確実性を実現できることが示されました。初日は、著名な業界スピーカーを招いた科学カンファレンスが開催され、新しいモダリティが治療薬創出に与える影響について議論が行われました。2日目は、D360、Certara AI、Design Hub、Compound Registration、Marvinを含む両社のディスカバリーソフトウェアスイートが提供する実践的なソリューションに焦点が当てられました。

昨年、私はChemaxonのChemTalksミーティングについて執筆しました。今年は、Day Oneのプログラム企画をChemaxonと共に進める機会に恵まれました。その結果として、ブログを執筆することになりました。同僚のPhil McHaleが本会議の科学的内容についてブログ記事を執筆していますので、私は運営面や交流面について詳しく述べることができます。

本イベントの演出は、Chemaxonミーティング特有の華やかさと躍動感に、Certaraミーティングの厳選されたコンテンツを融合させたものでした。現在統合された両社は、科学面および運営面の双方において、それぞれ独自の価値を提供しました。昨年のChemaxonのカラーテーマはマゼンタでしたが、今年は“赤く熱い”会議を象徴するスカーレットが採用されました。今年もまた、登壇者はまるで著名人の登場を告げるかのようなファンファーレとともにステージへ迎えられました。会場には至る所にカメラが設置されており、後日、本記事のビジュアルに使用するため、数百枚に及ぶ高解像度の優れた写真が提供されました。昨年は、登壇者それぞれに額装された自身の写真が贈られました。今年は、登壇者の顔写真があしらわれた特製カンファレンスバッグが贈呈されました。また、Catch Boxマイクも使用されていました。 

予想どおり、参加者の約51％はドイツからの参加でした。デンマークが9％、イギリスが8％、フランスが6％、そしてカナダ、スイス、日本がそれぞれ5％を占めました。ハンガリー、アイルランド、オランダ、スペイン、スウェーデン、アメリカは少数派でした。言語の多様性はさらに広く、例えばイタリア語や中国語を母語とする参加者もいました。なお、本分析にはCertaraおよびChemaxonの関係者は含まれていませんが、経営陣をはじめ多くの関係者が参加していました。

ネットワーキング

参加状況は良好で（ほぼ全ての座席が埋まり）、講演の内容も充実しており、将来有望な若手科学者と他の専門家との活発な交流が見られました。技術面においても、全体として円滑に進行しました。もちろん、すべてが完璧というわけではありません。近隣ホテルでのスピーカーディナーは良好であり、メイン会場のルーフトップで開催されたカンファレンスディナーは非常に素晴らしいものでしたが、2日目のランチについては、ほとんどの参加者があまり記憶に留めたくない内容であったとの認識で一致していました。

カンファレンスの休憩時間には、「Tech Corner」へ移動し、十分すぎるほどの軽食とともに、非公式なソフトウェアデモンストレーションが行われました。CertaraおよびChemaxonの製品ポートフォリオが統合されていく様子を確認できたことは有意義でしたが、他社からの貢献も見られました。例えばElsevierは充実した体制で参加しており、DiscngineはIdeation SAR Slidesを紹介していました。 

1日目：代表挨拶

CertaraのPresident兼CCOであるRob Aspburyは、Day Oneの開会にあたり簡潔な挨拶を行い、CertaraとChemaxonが買収プロセスにどのように取り組んできたか、またAIの戦略的活用をどのように計画しているかについて言及しました。最初の講演は、ChemaxonのAdrian Stevensによって行われました。

Adrian Stevensの2025年バージョンをご覧ください。今年のカンファレンスバッグに掲載された昨年の写真と、現在の実際の姿をぜひ比較してみてください。進化したAdrianは、同様に進化したMarvinを誇りにしています。講演においてAdrianは、ChemaxonとCertaraのシナジーについて概説するとともに、Chemaxonの顧客が化学および生物学エンティティ表現間で情報をシームレスに相互運用できるようにするためのロードマップを提示しました。また会議を通じて繰り返し、「Marvin is the best molecular drawing tool in the world」と述べました。

Nathan Brownは、化学者・生物学者・マシンを統合する分子設計プラットフォームに関する講演において、多くの有益な戦略的視点を提示しました。持ち帰るべきメッセージは、プラットフォームは科学的好奇心を置き換えるのではなく、増幅させるべきであるという点でした。データウェアハウスは彼のビジョンには含まれておらず、プラットフォームを創薬のためのオペレーティングシステムとして位置づけています。Nathanは、科学者が必要とする現場でワークフローを民主化することに強い関心を示しています。

RocheのJohn Cummingは、macrocyclic peptide（MCP）の創薬設計について講演しました。低分子向けに開発されたツールは、MCPには容易に適用できません。MCP向けのインフォマティクスおよびモデリングツールの要件は、モノマーとマクロサイクルという2つのレベルで検討する必要があります。可視化は課題となります。大型分子の2Dスケッチは画面上で大きなスペースを占有し、「読み取る」ことが難しい一方で、アミノ酸コード配列はコンパクトで視認性に優れていますが、各コードの意味に関する知識を前提とします。

HELMにおいてもモノマーライブラリは依然として課題であり、多糖類や脂質はまだその表記法でカバーされていません。PfizerのClaire Bellamyは、グリカンがもたらす課題について要約しました。すなわち、一貫した結合部位が存在せず、顕著な分岐構造を有している点です。ChemaxonがHELMの取り組みにおける初期パートナーであった点は注目に値します。「It took a village」と言われるように、HELMコミュニティもまたグリカンに対する解決策を開発できる可能性があります。

Boehringer Ingelheim（BI）のThomas Foxは、ペプチド設計のための計算ツールについて講演しました。彼は、ペプチドを表現するためのBoehringer Ingelheim Line Notation（BILN）の例を紹介しました。BILNはHELMと同様にモノマーを基盤としており、モノマーライブラリを必要とします。BIは、BILNの検証および変換、さらにディスクリプタ計算を行うPythonライブラリを開発しており、ThomasはD360およびmatched molecular pair analysisにおけるBILNの活用例も紹介しました。

Marvin is the best molecular drawing tool in the worldである以上、ChemaxonがBILNのサポートを検討しているであろうことは想像に難くありません。専門家によれば、BILNは天然残基と非天然成分の双方を組み込みながらも高い可読性を維持できる点が評価されています。HELM自体は非常に優れた表記法であり、例えば構造や比率に不確実性がある場合には特に有効ですが、化学者の立場からは読み取りや理解が非常に難しいという側面があります。BILNは、その本質においてシンプルさと可読性を備えています。

続いて、Pistoia AllianceのFarah Egbyが、パネルディスカッションに先立つ短いプレゼンテーションを行いました。新しい科学（新規モダリティや新しいアッセイ）が登場している一方で、従来からの課題（登録、混合物、リネージなど）も引き続き生じています。また、データそのものに加え、機器からのデータ取得、メタデータ、プロセス、コンテキストといった他の問題も存在します。標準化が必要であり、その点において協働の利点は明らかです。パネルディスカッションにおいて、augmented intelligence（「human in the loop」）についてほとんど言及がなかったことは意外でしたが、おそらく暗黙の前提であったのかもしれません。

X-ChemのMiklós Fehérは、DNA-encoded librariesを紹介し、自社の研究内容の一端を概説しました。従来、DELデータの大部分は未活用のままでしたが、X-Chemは膨大なSAR情報をファーマコフォアへと集約し、さらにネガティブデータも取り込むことが可能です。Miklósは、X-ChemのファーマコフォアがDELバインダーから構造情報を取得し、活性化合物を正確に同定するとともに、デコイテストにおいて高い選択性を示し、DELスクリーニングと構造ベース創薬を橋渡しする様子を示すケーススタディを発表しました。

AstraZeneca（AZ）のFilip Miljkovićは、proteolysis targeting chimeras（PROTACS）に焦点を当てました。bRo5（biological Rule of Five）分子は、アッセイの改良および新たなプロファイリングアッセイを必要とします。bRo5分子の物性評価手法には、ChromLogD（疎水性を評価する逆相HPLCアッセイ）およびexperimental polar surface area（EPSA、受動的細胞取り込みを評価する超臨界流体クロマトグラフィーアッセイ）が含まれます。AZは、ランダムフォレストアルゴリズムを用いてChromLogDおよびEPSAのモデルを構築しました。Filipは、経口バイオアベイラビリティ向上プロジェクトの事例を紹介し、これらのモデルがPROTAC合成の意思決定を推進するうえで目的適合性を有していることを示しました。

テュービンゲン大学のMatthias Gehringerは、標的共有結合阻害剤におけるワーヘッド化学について圧巻のレビュー講演を行いました。これらの薬剤は、その日の前半で議論された新規モダリティとは大きく異なり、同様の表記上の課題も抱えていません。しかし主催者としては、Matthiasの講演がその日の締めくくりにふさわしい格調高い科学的内容になると考えており、その期待は裏切られませんでした。彼の博識に満ちた講演内容を短い一段落で十分に伝えることはできませんが、最後に有用な2つの参考文献が提示されました。^1,2

2日目：意思決定

2日目は「意思決定」がテーマでした。Rob Aspburyは、model-informed drug development（MIDD）とその創薬における意義について紹介しました。また、Certaraの創薬開発ソフトウェア群を統合する包括的クラウドプラットフォームについて説明しました。Certara Predictive TechnologiesのDavid LowisとAdrian Stevensは、D360およびDesign Hubを出発点として、CertaraとChemaxonの初期創薬ソフトウェアをどのように統合していくかを示しました。2026年には、Marvin（ペプチド、オリゴヌクレオチド、オリゴ糖に対応可能な優れた製品）がHELMをサポートし、D360で活用される予定です。長期的には、D360とDesign Hubは単一の設計・解析アプリケーションへと統合される計画です。

続いてユーザー講演が行われました。William McCoullはAZにおけるD360のエキスパートです。D360の最近の人気機能には、カーブ表示およびプロジェクト進捗トラッキングがあります。データは、より高度な解析のためにJMPやSpotfireへエクスポートできます。AZは、ペプチドSARを実現するためにD360のHELM機能を機動的に活用しています。抗体薬物複合体（ADC）を含むコンジュゲート分野については、D360の最適活用に向けた取り組みが現在進行中です。CellarityのXin Zhangは2件の講演を行いました。最初の講演では、サイロ化されたデータや複数アプリケーションの乱立という課題に直面しながら、SAR可視化のための統合プラットフォームを構築した経緯を説明しました。Chemaxon製品を組み合わせたハイブリッドソリューションにより、部門横断的な化学コラボレーションが促進されました。Cellarityは、設計アイデアをより効率的に追跡するためDesign Hubを導入しました。CROの生産性も追跡可能であり、新システムは全ユーザーに予測機能を提供し、リアルタイムのデータ駆動型意思決定を支援します。

Merck KGaAのSameh Eidは、多くの有益な質問を投げかける非常に積極的な参加者でした。彼は、新規生物学的エンティティ向けのD360ポータルについて講演しました。ADCはその複雑性や系譜管理要件、さらにはモダリティ横断的な実験結果を扱う必要があることから、専用ポータルを必要とします。このポータルは、配列ベースのクエリフィルター、アノテーションやカスタム番号付けに対応したシーケンスビューア、さらに配列カラム向けの拡張機能を備えています。Samehは、Certaraの抗体ワーキンググループがこれらの課題と機会に取り組んでいることを評価しています。

RocheのShijun Yuは、組換えアデノ随伴ウイルスベクター（rAAV）に焦点を当てました。「build, test, learn, design」のサイクルにおいて、D360はrAAVコンセプト、カプシド、トランスジーン、セロタイプの検索、バッチ追跡、機能的細胞アッセイのクエリ、ダッシュボードでのデータ可視化・解析に活用されています。本システムは、プロジェクト横断的な学習を促進し、製造適性や開発適性に関する知識を強化します。また、部門横断でのバッチ品質や生産済みrAAVバッチの全体像を把握でき、試験されたAAVバリアントの特定の細胞リードアウトに関する洞察も提供します。

2回目の講演でXin Zhangは、Cellarityが高度な立体化学機能を備えたChemaxonのCompound Registrationをどのように導入したかを説明しました。データ移行は、特にデータの「クリーンアップ」が必要な場合に多くの時間を要しました。チェンジマネジメントと幅広いユーザー参加が優先事項とされ、下流工程のワークフローもサポートされています。本システムは、ベンダーとクライアントの継続的な協業のもとで進化を続けています。

ChemaxonのRoland Knispelは、Compound Registrationにおけるマルチモダリティ対応について概説しました。新しいMarvinは2026年第1四半期よりCompound Registrationの構造エディタとして利用可能になります（1日目に学んだ通り、Marvinは世界最高の分子描画ツールです）。すでに、小分子向けの新ワークフローおよびUX改善、1億化合物規模までの性能・スケーラビリティ向上、HELMチャートによるアプリケーション管理の簡素化、バルク登録の高速化、下流接続性の向上、化学クエリの高速化が実証されています。生物学的製剤およびHELM登録対応は現在開発中です。

Merck KGaAのMichael Hofmannは、いつも自然な笑顔で私を和ませてくれます。フォトギャラリーには彼が笑っていない写真が一枚もありません。Chemaxonのイベントに彼が戻ってきたのを見るのはとても嬉しいことです。MichaelとÁkos Pappは、2017年からMerckで利用されているChemaxonのCompliance Checkerの活用状況について報告しました。現在、ChemaxonはCompliance Checkerを完全管理型の社内Webサービスとして運用しており、Merckは社内のすべての化合物ストアのチェックに使用しています。MerckはこれをMarvinに統合して単一化合物のインタラクティブチェックを行い、Excelに統合してバッチチェックを実施し、さらにドイツで規制対象化合物を購入してしまうことを防ぐため化合物出荷ツールにも組み込んでいます。Chemaxonは研究データベースを自動チェックするためのカスタムアプリケーションも開発しました。2021年には、Merckは関税コードcHemTSを恒久的なアプリケーションポートフォリオに追加しました。

AZのGian Marco Ghiandoniは、DMTAサイクルにおける予測AIおよび「predict-first」パラダイムについて講演しました。Predictive Insight Platform（PIP）は、AZにおけるAI/ML創薬の中核を担うクラウドネイティブなプラットフォームであり、400以上のモデルをホストし、15以上の化学系アプリケーションと統合されています。PIPはD360と連携して動作します。D360における拡張PIP機能の一部は、まもなくACS Omegaに掲載予定の論文で紹介される予定です。

1日目は学識豊かな内容で締めくくられ、2日目もまた最先端の科学で幕を閉じました。CertaraのQuantitative Systems Pharmacology（QSP）担当上級副社長であるPiet van der Graafが、会議を総括しました。Certaraは、QSPを規制当局のNew Approach Methodology（NAM）イニシアチブと整合させています。Early Feasibility Assessment（EFA）は、in vivo動物データもin vitroデータも、さらには化合物すら必要としません。Pietは4つのケーススタディを提示し、最後に生成創薬にQSPアプローチを統合する最近の論文を要約しました。Certaraは、業界最大規模の検証済みEFA/QSPプラットフォームモデルのライブラリを有しています。

まとめ

最後は少し個人的な話で締めくくりたいと思います。本会議は、ひとつの時代の終わりと新たな時代の始まりを象徴するものでした。何年も前、Phil McHaleは、私が長年にわたり多くの国で開催されたMDLユーザーミーティングに数多く参加してきたことを称え、「粘り強さと遍在性」に対する表彰盾を授与してくれました。私の“粘り強さ”は今世紀に入っても続き、2007年にはAlex Allardyceが私をChemAxon（“A”にご注目）のユーザーミーティングに招こうと強く働きかけ、ついには参加費を支払ってくれたことで、私はすっかり魅了されてしまいました。その後は米国のChemAxonミーティングにも参加し、やがてChemaxon（“a”にご注目）のミーティングにも足を運ぶようになりました。私は少々感傷的な性分なので、Chemaxonの歴史の一部が消えていくことには寂しさを覚えます。しかし同時に、長年信頼を寄せてきたCertaraの同僚たちもおり、今回の会議では新たなCertaraのプロフェッショナルたちと知り合えたことを嬉しく思います。これまでの日々は楽しいものでしたが、未来は明るいと感じています。新生Certaraとその多くのユーザー（そしてもちろんコンサルタント）に、これからも太陽が降り注ぎ続けることを願っています。

参考文献

(1)    Gehringer, M.; Laufer, S. A. Emerging and Re-Emerging Warheads for Targeted Covalent Inhibitors: Applications in Medicinal Chemistry and Chemical Biology. J. Med. Chem. 2019, 62 (12), 5673-5724.
(2)    Hillebrand, L.; Liang, X. J.; Serafim, R. A. M.; Gehringer, M. Emerging and re-emerging warheads for targeted covalent Inhibitors: an update. J. Med. Chem. 2024, 67 (10), 7668-7758.
(3)    Ghiandoni, G. M.; Evertsson, E.; Riley, D. J.; Tyrchan, C.; Rathi, P. C. Augmenting DMTA using predictive AI modelling at AstraZeneca. Drug Discovery Today 2024, 29 (4), 103945.
(4)    van den Maagdenberg, H. W.; de Mol van Otterloo, J.; van Hasselt, J. G. C.; van der Graaf, P. H.; van Westen, G. J. P. Integrating pharmacokinetics and quantitative systems pharmacology approaches in generative drug design. J. Chem. Inf. Model. 2025, 65 (10), 4783-4796.