デスクトップアプリケーション
Zosimos（ゾシモス）
ChemAxonケミカルインテリジェンスをベースとした新しい化学教育のエクスペリエンス
Zosimosはインタラクティブな問題やチュートリアルの作成、答え合わせなどををオンライン上で実現し、化学や生化学の授業をより効果的にします。卓越したChemAxonの化学情報基盤をベースとしており、構造式や反応式を含む問題を提示したり、生徒の答えを自動的に評価および採点します。 ChemAxonは、クラウドベースのオープンな学習コミュニティを提供して、教室のコラボレーションを強化し、学習の効果を高めます。
機械学習で配列・低分子の最適化を支援：AMEDEO
Altoris Inc.機械学習でバイオ医薬・低分子医薬の最適化をナビゲート
AMEDEOは、データサイエンス（AIと機械学習）で利用可能な最も高度なツールを専門家以外が簡単に利用し、リード最適化サイクルを高速化するためのアイデアジェネレーターとして機能します。
SARvision Biologics
Altoris Inc.配列相関解析ツール
SARvision | Biologicsは既存のバイオロジックスソフトウエアの隙間を埋めるデスクトップアプリケーションで、バイオポリマーのデータを読み込み整理する為の基盤ツールと配列と活性の関連を見出す様々なツールを提供します。
配列解析に最適化されたスプレッドシートが提供され、非天然アミノ酸や化学的に修飾された残基を含む、核酸、タンパク、ペプチドといったバイオポリマーを取り扱うことが出来ます。
SARvision SM
Altoris Inc.骨格分類（MCS）, SAR解析支援ツール
構造活性相関の検討を支援するソフトウェアで、独自の最大共通部分構造(MCS: Maximum Common Substructure) 抽出エンジンにより化学構造データを骨格ごとに分類することができます。
Instant JChem Personal
ChemAxonデスクトップ化学データベース（Mac,Windows,Linux対応）
InstantJChemは化学情報をローカルデータベースで管理する為のデスクトップアプリケーションです。また、サーバーのJChemBaseに対するフロントエンドの機能も提供します。
JChem for Office
ChemAxonMicrosoft Office製品に化学機能を付加
ロングセラー化学アドインJChem for Excelが、ExcelのほかにWord、PowerPoint、OneNote、Outlookメールにも対応するJChem for Officeとしてリニューアルしました。これまでのEXCEL化学アドインは、重く、安定性も不十分でしたが、JChem for Officeを用いるとより軽快に大容量の化学データを便利に扱えます。Microsoft Office 2010、2013、2016に対応しています。
Marvin Sketch
ChemAxon構造式描画のスタンダード
Marvin SketchはJavaベースの構造描画ツールです。直感的な操作で、構造・反応・クエリーの描画が可能です。
Marvin Sketchはスタンドアロンの描画ツールとしての利用はもちろん、Webアプリケーションやカスタムアプリケーションに組み込んで利用することができま す。Marvin Sketchでは各種ファイルフォーマット※の読み書きができ、Chem Draw ProやISIS/Drawなどからコピーペーストできます。また、豊富なプロパティー計算用プラグインモジュール「Calculator Plugins」を組み込み、pKaなどのプロパティー計算結果をグラフィカルに表示できます。