PROTAC解析モジュール

SARvision SMに新たに追加されたTargeted Protein Degradation（TPD）解析モジュールオプション

創薬のシーンにおいて、創薬化学者は往々にして2つのリガンドをリンカーで繋ぎ合わせて、新規の生物学的活性を探索します。この例として、タンパク質分解誘導キメラ分子（PROteolysis TArgeting Chimera: PROTACや、Specific and Nongenetic IAP-dependent Protein Eraser: SNIPER）は、E3リガーゼモジュレーターが、分解を促したい標的タンパク質のリガンドにリンカーを介して結合されています。しかし、これらの分子を容易に構成要素に分解し、構造活性相関解析を行うツールはありませんでした。

PROTAC/SNIPERのようなTargeted Protein Degradation (TPD）創薬化学者のニーズに合わせる為に、SARvision|SMではリンカー解析モジュールオプションを追加し、バイリガンドのSAR研究をルーチン化、かつ容易に実行できるようにしました。これはTPDを研究するために設計されていますが、リンカーによって結合された2つのリガンドであれば、どのような分子にも対応可能です。

SAR Tableで簡単に分析

このソフトウェアのアルゴリズムは、分子を自動的にリンカーと2つのリガンドに分解し、SARvision|SMのSAR Tableで簡単に構造解析できるようにします。TPD分子の場合、E3リガーゼモジュレーターが自動的に特定され、左側に配置されます。リンカーは、2つのリガンドの間に水平に展開されて表示されます。標的リガンド（War Head）は分子の右側に表示され、創薬化学者の分析を視覚的にサポートします。

Marvin Sketch

Marvin SketchはJavaベースの構造描画ツールです。直感的な操作で、構造・反応・クエリーの描画が可能です。化学構造の描画、インポート、編集、エクスポートを1つのシンプルなアプリケーションで簡単に行うことができます。 Marvin Sketchはスタンドアロンの描画ツールとしての利用はもちろん、Webアプリケーションやカスタムアプリケーションに組み込んで利用することができます。Marvin Sketchでは各種ファイルフォーマット※の読み書きができ、Chem Draw ProやISIS/Drawなどからコピーペーストできます。また、豊富なプロパティー計算用プラグインモジュール「Calculator Plugins」を組み込み、pKaなどのプロパティー計算結果をグラフィカルに表示できます