JChem extensions for KNIME

ChemAxonの機能をKNIMEに統合

KNIMEは、データアクセス、データ変換、初期調査、強力な予測分析、ビジュアライゼーション、およびレポート作成など、分析プロセス全体の使いやすいグラフィカルなワークベンチです。KNIMEはオープンなインテグレーションプラットフォームで、KNIMEコミュニティおよび広範なパートナーネットワークを含めて1000を超えるモジュール（ノード）が提供されています。
KNIMEは創薬分野に限らず一般的な目的で設計されており、基本的なセットアップには多くの分野で共通の機能が含まれていますが、同時に多くのケムインフォマティクスおよびバイオインフォマティクス関連の拡張ツールがあり、とくに創薬初期で有用な化学構造管理や分析などに広く活用されています。

ユーザー独自のアプリケーションを作る

ChemAxonツールはモジュール化され、さまざまなソフトウェアに統合されています。しかしユーザーにとって機能が不足している場合や特定のプロセスが必要な場合は、通常はプログラミングを行う必要がありました。KNIMEは、これらのモジュールをワークフローのビルディングブロックとして使用できるようにすることで、プログラミングのハードルを克服します。その結果、ユーザーは独自のChemAxonアプリケーションを手軽に作成することができます。

異なるベンダーのツールを簡単にドッキング

KNIMEはオープンプラットフォームなので、さまざまなベンダーが提供する多数のオープンソースと商用の拡張ツールがあります。この多様性により、研究者はChemAxonのモジュールだけでなく他のモジュールも統合することができます。たとえば、ChemAxonツールを使用して構造をキャラクタライズした後に、仮想ライブラリ列挙では選択した構造を他のパートナーのドッキングツールにパイプする、といったことが可能です。

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ご利用にあたって必要なライセンス

JChem Extension for KNIMEライセンス（販売：Infocom）
および
使用するChemAxonツールの各ライセンス（販売：Patcore）

大規模ライブラリワークフローにおけるReactor

数十億規模の化学ライブラリーの利用が標準化しており、クラウド技術やAI/MLの進展がその活用を加速させています。従来のツールでは対応が難しく、新しい表現形式や検索手法が求められています。Reactorを利用したワークフローの重要性について解説します。

KNIMEでChemAxonノードを使ってみる

非プログラマーがデータ処理を行う上で便利なツールとしてワークフローツールがあります。有名なものはKNIMEとPipeline Pilotです。この内KNIMEについては無償のオープンソースソフトウェアとして提供されており、気軽に使える点が便利ですね。

JChem Engines

ケミカルインテリジェンスでオブジェクトリレーショナルデータベース管理システムを強化 JChemテクノロジーは、化学表示、検索、保存、構造および非構造データ管理機能のための高度な実装を提供します。データ管理機能は、ChemAxonアプリケーションの多種多様な統合システム全体に広く埋め込まれたコアエンジンであり、研究情報科学システムが依存する高速で目に見えないバックボーンを提供します。「主力」として、さまざまなデータベースエンジン（Oracle、PostgreSQL、MySQL、MSSQLなど）に格納されたデータを処理でき、複雑な検索テクノロジー、幅広いオプションスペース、および化学構造を処理するための高度な機能を提供します。

JChem Base

JChem Baseは高速な検索アルゴリズムを搭載し、完全一致検索、部分構造検索、類似構造検索、スーパーストラクチャー検索、反応検索、マーカッシュ(Markush)構造のハンドリングをサポートしています。

Marvin Sketch

Marvin SketchはJavaベースの構造描画ツールです。直感的な操作で、構造・反応・クエリーの描画が可能です。化学構造の描画、インポート、編集、エクスポートを1つのシンプルなアプリケーションで簡単に行うことができます。 Marvin Sketchはスタンドアロンの描画ツールとしての利用はもちろん、Webアプリケーションやカスタムアプリケーションに組み込んで利用することができます。Marvin Sketchでは各種ファイルフォーマット※の読み書きができ、Chem Draw ProやISIS/Drawなどからコピーペーストできます。また、豊富なプロパティー計算用プラグインモジュール「Calculator Plugins」を組み込み、pKaなどのプロパティー計算結果をグラフィカルに表示できます