Transformer

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ディスカバリーツール

  • 「○○を改善する構造変換は?」

    Transformerは実験から得られた生物学的に等価な置換ルールに基づき、入力構造から改変構造を自動生成するツールです。思いもかけなかった改変構造のアイディアを得ることが期待できます。 置換ルールはBioster、EMILを実装しているほか、お客様がMMP解析などによって抽出した転換ルールもインポートして活用することが可能です。

    主な機能

    • ルールベースを用いて入力構造を変換した構造を提示
    • 条件に合致しない構造を排除※
      • 物性値による排除
      • 生成構造物性値と与えた構造との差を指定可能
      • 指定した部位のみを変換
      • 異なる骨格(Structure Framework)をもつ構造のみ生成
      • 考慮済の変換構造を排除
    • 多彩な表示形式と出力
    • 構造エディタはMarvinとChemDrawが利用可能

    構造変換ルールベース

    EMIL

    • 監修:藤田稔夫京都大学名誉教授
    • Bioisostericな約6,700件の変換例を収録

    BIOSTER

    • 監修:Dr. Istvan Ujvary (元The Hungarian Academy of Sciences)
    • Bioisostericな約2万6千件の変換例を収録
    • 別途単体のデータベースとしても販売可能
    • 毎年1,000件程度の新規変換例を追加予定

    お客様自身で生成した自社ルール

    • 自社で確立したMMPなどのルールを追加可能
    • 2つの構造の差を自動認識し、変換部分を抽出
    • 変換部分の自動マッピング
    • 元構造を用いて抽出したルールを検証

    ※物性値などによる排除について

    • 絶対値による指定
      • 例:LogPが5以下となる構造のみ生成
    • 入力構造との比較値による指定
      • 例:リング数が入力構造より小さくなる構造のみ生成
    • 上記の組み合わせ
      • 例:キラルカウントが1以下で、かつ分子量が入力構造よりも小さい構造のみ生成

    指定可能な物性値

    ChemAxonのCalclator Pluginを内蔵しており以下の計算値を指定可能

    • Protonation (pKa,Microspecies,Isoelectric Point)
    • Partitioning (logP,logD)
    • Geometry (Topology Analysis,Geometry,Molecular Surface Area (3D),PSA(2D))
    • Charge (Charge,Polarizability,Orbital Electronegetivity)
    • Elemental Analysis (Mass,Atom count)
    • HBDA