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Bioinformatics Services
バイオメディカルデータの量が増えるにつれ、創薬・開発プログラムの複雑さも増しています。その中で、データの取得から解析及び生物学的解釈までを高品質で提供します。また、関連するシステムやカスタムパイプラインの開発までお客様のご要望に合わせたサービスを提供いたします。 -
Marvin 構造式描画ソフト
Marvinは構造式を綺麗にそして最速で描画できる次世代の構造描画ツールです。研究者は自分の考えを、素早くて美しい視覚表現に変換できます。化学構造、印、テキストなど、多数のオブジェクトを1つのキャンバスで処理し、絶対的な精度で整列させます。 -
GOSTAR｜SARデータベース
GOSTARを使うだけで、最新の整理されたSAR情報が入手でき、研究に集中できます。AIモデルを構築するのに、データを集めたり整理したりする必要はありません。Excelraが専門化チームによるマニュアルキュレーションで構築されたGOSTARは、化学構造と生物学的、薬理学的、治療学的活性を結びつけることで、数百万の化合物の360度ビューを提供します
２D/３Dハイスループット・バーチャルスクリーニングツール
Screen Suiteは、大規模な分子ライブラリーの化学的（2D）および形状（3D）類似性検索のための強力なツールを提供する、リガンドベースのハイスループット仮想スクリーニングパッケージです。
本ツール群は、Chemaxon chemical fingerprint、Pharmacophore fingerprint、ECFP/FCFP、非類似度メトリクス、および最適な検索結果を得るためにプロセスを調整するための最適化など、複数の異なるフィンガープリントのセットを提供します。
2D Descriptor パッケージ、Screen2D（当社の chemical fingerprint を含む）、および Screen3D の2種類のパッケージ製品として市販されています。
また、コマンドラインツール、Javaや.NET API、KNIMEやPipeline Pilotのようなワークフローツールに組み込んでご利用頂くことも可能です。
Screen Suite の柔軟な記述子アクセシビリティ
Screen2D Descriptor パッケージには、化学構造、ファーマコフォア、拡張接続性（ECFP）および機能クラス（FCFP）記述子のフィンガープリント生成機能が含まれており、あらゆるスクリーニングプロセスで使用するフィンガープリントの生成と調整に使用できます。
記述子生成はChemaxonのChemical Termsスクリプト言語によりサポートされており、トポロジカル特性または分配係数、水素結合ドナー・アクセプターアクセシビリティ、酸性特性などの物理化学的特性に基づく単一または複合分子属性を考慮した複雑なフィンガープリントを作成することができます。
多様なフィンガープリント
Chemaxonのスクリーニング技術は、利用可能な化学フィンガープリントと分子記述子に大きく依存しています：
- BCUT descriptors - 多様性解析やQSARで使用され、原子電荷、HBDA、分極率などの物理化学的特性を持つ分子の結合表に基づいています。
- Chemical fingerprint - データベースの構造検索、類似性検索、化合物ライブラリの多様性解析に使用され、分子構造を記述するパスベースのビット列記述子です。
- Pharmacophore fingerprints - ファーマコフォア活性の原因と考えられる結合関連の構造的または物理化学的特性を特徴づける原子ベースのフィンガープリント。
- Circular fingerprints - パスベースのフィンガープリントとは対照的に ECFP/FCFP は部分構造を保存する記述ではありませんが、完全な構造や類似性の検索に非常に関連性があります。
Screen 2D
Screen 2Dは、大規模な分子データベースの化学的類似性検索を実行するための堅牢なプラットフォームです。
デスクトップPC1台で、1秒間に最大100,000化合物のスクリーニングが可能です。このツールのモジュール性により、独自の記述子セットを使用することができます。Screen 2Dには、化合物間の非類似度を測定するメトリクスのセットが付属しています：
- Euclidean
- Tanimoto
- Tversky
- Dice
Screen 2Dは、適切なトレーニングセットを選択することで、メトリクスの最適化をサポートします。最適化ステップにより、エンリッチメントが大幅に向上し、より小さく、よりフォーカスされたヒットセットが得られます。Dice Screen 2Dは、API と command line、Pipeline PilotとKNIMEコネクタを介して利用可能で、一部の機能は Instant JChemと JChem for Officeデスクトップアプリケーションに実装されています。
Screen 3D
Screen Suiteは、トポロジーベースのスクリーニングに加え、3D形状類似性ベースの検索を搭載しています。新しい柔軟なアライメント技術を導入し、従来の3Dスクリーンエンジンと比較して、合理的な代替ヒット結果を提供します。
Screen 3Dの主な特長は、その高速性であることは間違いありませんが、ヒットの最初の1%において、多くの代替ソフトウェアよりも優れたエンリッチメントを提供する点でも非常に優れています。ツールのスケーラビリティにより、非常に大規模な分子データベースの検索に適しています。
Screen 3Dは、さまざまな形状の類似性検索に使用できます。完全なフレキシブルマッチングにとどまらず、フレキシブルなデータベース化合物をリジッドなクエリ分子にアライメントすることができます（リジッド-フレキシブル）。また、オンザフライで生成されたコンフォーメーション アンサンブルを使用して、硬いデータベース化合物を硬いクエリ 分子にアライメントすることもできます（Rigid-Rigid）。
Screen3Dの利点は、Design Hubのアイデア評価・管理プラットフォームのプラグインとしても利用できます。 Screen3Dの詳細を読む
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