Markush search

マーカッシュ構造のケミカルスペースを瞬時に検索

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Markush Search:マーカッシュ構造をDB化し構造検索を実現

 

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Markush Searchは、特許出願などに用いられるマーカッシュ構造をデータベースに登録し、エニュメレーションすることなく、部分構造検索や完全一致検索を実現するJChem Base、JChem CartridgeおよびInstant JChem用のアドオンです。

Markush Searchは現在下記のような一般化表現をサポートしています。

  • R-group (無限のネスティングをサポート)

  • アトムボンドリスト

  • リンクノード及びリピーティングユニット

  • ポジションバリエーションボンド

  • ホモロジーバリエーション(alkyl, arylなどのジェネリックアトム。ユーザーによる定義も可能)

 

Markush SearchはMarkush Enumeration pluginを包含しています。これらの2つのツールを用いることにより、複雑なマーカッシュ構造の解析やマーカッシュ構造によって記述されたケミストリースペースのブラウジングを格段に容易にします。 また、DARC formatのインポート機能を実装しており、Tomson Reuters社の提供する特許のデータベースMMS (Merged Markush Service)を利用することができます。

 

 

Markush Enumaration

 

enum

 

マーカッシュ構造から個別構造を生成したり、個別構造の数をカウントすることができます。

 

 

 

Markush Viewer

markush-viewer

多くのRグループが定義された複雑なマーカッシュ構造を見やすく表示することは容易ではありません。Markush Viwerはマーカッシュ構造をインポートして、視覚的に見やすく表示します。マーカッシュ構造の骨格とすべてのRグループは階層的なリスト形式により表示されます。ユーザーはクリックすることによりそれぞれのRグループに異なる置換基を指定して表示させることができます。

 

 

 

Markush structures at ChemAxon

 

 

 

Data Reduction from Patents; How Chemical Structures in Patents Are Disclosed, Indexed and Retrieved, and What Do They Mean

May 2012 Author: Brian Larner (Thomson Reuters) 

 

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