JChem Base

構造検索エンジン

高速かつ高度な構造/反応検索をサポート

JChem Baseは高速な検索アルゴリズムを搭載し、完全一致検索、部分構造検索、類似構造検索、スーパーストラクチャー検索、反応検索、マーカッシュ(Markush)構造のハンドリングをサポートしています。
また、これらの検索時には次のような複雑なクエリーを用いることができます。

SMARTSのサポート
アトムリスト、ノットリスト、スーパーアトム
チャージ、アイソトープ、ラジカル
水素数、芳香族/脂肪族原子
リングサイズ、コネクティビティーボンドタイプ、リング/チェイン
Rグループ
ステレオケミストリー

ブログ記事を読む

ケミカルタームとはChemAxonが考案した化学的ルールを記述するための言語で、化合物の物理化学的パラメータなどを複数組み合わせて、検索や条件設定に用いる事ができます。JChem Baseでは、例えば、「任意の部分構造をもつリードライクな化合物」あるいは、「ある構造に類似したバイオアバイラビリティーの優れた化合物」といった条件で検索が行えるようになります。ケミカールタームで用いるパラメータは、検索実行時にオンザフライで計算されます。予め計算したプロパティーをデータベースに格納する必要はありません。（本機能のご利用にはCalculator Pluginが必要です。）

構造検索の種類

既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用いた大規模化合物ライブラリーに対する探索が行われています。