JKlustor

クラスタリングツール、MCS抽出

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ディスカバリーツール

  • クラスタリングとダイバーシティ解析

    JKlustorはクラスタリングとダイバーシティ解析のコンポーネントです。 JKlustorはクラスタリング、ダイバシティ計算、分子フィンガープリント、共通部分構造、ディスクリプター等に基づくライブラリの比較を行うことができます。 JKlustorは、コンビナトリアルケミストリ、ドラッグデザインその他化合物ライブラリの解析が必要な場面で利用できます。クラスタリングの手法や計算の最適化に関してオプションを選択できます。

    JKlustorは以下のコマンドラインツールを提供します

    • GenerateMD はダイバシティー解析やクラスタリングに用いる、ケミカルハッシュフィンガープリントおよび ファーマコフォアフィンガープリントを含む多様な分子ディスクリプターを生成します。
    • Compr はダイバシティ計算や非類似性計算に基づき、化合物ライブラリなど2つのオブジェクトの比較を行います。
      • ライブラリの全ての個々の化合物の比較
      • 2つのライブラリの比較
      • ライブラリの自己非類似性評価(Library self-dissimilarity test):全ての個々の化合物と残りの化合物の比較を行います。
    • Jarp variable-length Jarvis-Patrick clusteringを行います。
    • Ward approach.RNNアプローチを適用し、Ward’s hierarchic clustering method による分子のクラスタリングを行います。
    • LibMCS 階層的な最大共通部分構造(maximum common substructures)に基づきクラスタリングをおこないます。ダイバシティー解析や ocused set profilingに用いることができます。
    • CreateView 構造式と計算結果を含むSDファイルを生成します。

    アニメーションによる機能紹介(英語)