Standardizerrは構造式標準化のモジュールで、様々な表記方法の構造式をルールに基づき標準的な表記方法に変換します。データベースに登録された構造式を標準化することで確実で効率的な検索が可能になります。
化学者は構造式を描くときは通常それぞれの化学者の好みの描画スタイルで描きます。このような原因により、異なる表記方法の同一の化合物が重複して データベースに登録されたり、検索の際、意図した化合物がデータベースに存在するにも関わらず、検索に用いた表記方法と異なっている為にヒットしないと いった問題が生じることがあります。また、コンピュータシステムによってバーチャルに化合物を生成した場合や外部から購入した化合物ライブラリのSDファ イルを自社データベースに登録する際も同様の問題が生じることがあります。これらの問題はStandardizerrにより解決可能です。
複数のソフトウェアによって生成されたバーチャルライブラリーや、外部の組織より入手した構造情報に関してとりわけ構造式表記の違いに起因する問題 が起こりがちです。また、ケミストによって塩の表記や短縮表記の使い方が異なる場合があります。 Standardizerrは標準化により化学構造式のあいまいさを排除します。
アロマタイゼーション/デアロマタイゼーション
水素原子表記の取扱い（表示/省略/立体を示す水素は省略しない）
メゾマーの変換（nitro,azide,etc）
トートマーの変換（oxo-enol,enamine-iminine,etc）
テンプレートに基づいたクリーニング
グルーピングの解除
塩、溶媒の除去（サイズ,リスト）
バッチ処理機能
ユーザー指定の標準化ルールのサポート