多くの分子が環境により水素を得たり失ったりする特定の官能基を有します。それぞれのプロトンの取得あるいは喪失までの電離平衡はpKa（酸解離定数）と呼ばれる定数によって表されます。pKaプラグインはパーシャルチャージディストリビューションに基づいてイオン化され得るグループのpKaを計算します。分子中のイオン化可能な原子数に上限はなく、蛋白などに対しても利用できます。
Microspecies plugin は特定のpHにおけるメジャープロトネーションフォームを特定します。主要な構造はユーザーが指定した互変異生体フォームまたは自動計算された支配的な互変異性体フォームに基づきメジャープロトネーションフォームを予測します。
Isoelectric Point Pluginは電離後の化合物全体の電荷が0となるpH（等電点）を計算します。 等電点の計算は、pHのレンジに渡りイオン化可能な分子のすべてのマクロイオナイゼーションステートを考慮して行われます。 また、本プログラムは当該分子のpHに依存する全体電荷分布を表示できます。