創薬のシーンにおいて、創薬化学者は往々にして2つのリガンドをリンカーで繋ぎ合わせて、新規の生物学的活性を探索します。この例として、タンパク質分解誘導キメラ分子（PROteolysis TArgeting Chimera: PROTACや、Specific and Nongenetic IAP-dependent Protein Eraser: SNIPER）は、E3リガーゼモジュレーターが、分解を促したい標的タンパク質のリガンドにリンカーを介して結合されています。しかし、これらの分子を容易に構成要素に分解し、構造活性相関解析を行うツールはありませんでした。
PROTAC/SNIPERのようなTargeted Protein Degradation (TPD）創薬化学者のニーズに合わせる為に、SARvision|SMではリンカー解析モジュールオプションを追加し、バイリガンドのSAR研究をルーチン化、かつ容易に実行できるようにしました。これはTPDを研究するために設計されていますが、リンカーによって結合された2つのリガンドであれば、どのような分子にも対応可能です。
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このソフトウェアのアルゴリズムは、分子を自動的にリンカーと2つのリガンドに分解し、SARvision|SMのSAR Tableで簡単に構造解析できるようにします。TPD分子の場合、E3リガーゼモジュレーターが自動的に特定され、左側に配置されます。リンカーは、2つのリガンドの間に水平に展開されて表示されます。標的リガンド（War Head）は分子の右側に表示され、創薬化学者の分析を視覚的にサポートします。 |
PROTAC DBにあるBCR-ABLのPROTAC分子群をロード （分子と関係するデータは、Mlecule Data Tableに表示される）
読み込み後、リンカー解析ボタンをクリックし解析を実行
開いているTableに解析結果を展開
リンカーによって結合された2つのリガンドを容易に解析
SDFやSMILES形式の分子は簡単にインポート可能
リガンドの配置により分子の向きが自動的に調整される為見やすい
各行で任意のデータでソート・値の着色可能
R-Group TableとSubstituent Analysis Tableの追加が可能
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資料にてより詳細をご覧いただけます。
下記「DOWNLOAD」ボタンをクリックしてiPROSからダウンロードをお願いいたします。
PROTAC解析モジュールカタログ