PROTAC解析モジュール
SARvision SMに新たに追加されたTargeted Protein Degradation（TPD）解析モジュールオプション
製品カテゴリ
データサイエンス / 低分子創薬 / 化学ソフト
創薬化学者のニーズに応える
創薬化学者は2つのリガンドをリンカーで繋ぎ合わせて、新規の生物学的活性を探します。この例として、タンパク質分解誘導キメラ分子（PROteplysis TArgeting Chimera: PROTAC）は、E3リガーゼモジュレーターが、分解を促したい標的タンパク質のリガンドに結合されています。しかし、これらの分子を容易に構成要素に分解し、構造活性相関解析を行うツールはありませんでした。
PROTAC/SNIPER (Specific and Nongenetic IAP-dependent Protein Eraser) のようなTPD(Targeted Protein Degradation）創薬化学者のニーズに合わせる為に、SARvision SMではリンカー解析モジュールオプションを追加し、バイリガンドのSAR研究をルーチン化、かつ容易に実行できるようにしました。これはPROTACを研究するために設計されていますが、リンカーによって結合された2つのリガンドであれば、どのような分子にも対応可能です。SAR Tableで簡単に分析
このアルゴリズムは、分子をリンカーと2つのリガンドに分解し、SARvision|SMのSAR Tableで簡単に解析できるようにします。PROTAC分子の場合、E3リガーゼモジュレーターが特定され、左側に配置されます。リンカーは、2つのリガンドの間に水平に伸ばされて表示されます。残りの部分、ターゲティング弾頭は右向きに表示されます。
PROTAC解析例（BCR-ABL）
- PROTAC DBにあるBCR-ABLのPROTAC分子群をロード （分子と関係するデータは、Mlecule Data Tableに表示される）
- 読み込み後、リンカー解析ボタンをクリックし解析を実行
- 開いているTableに解析結果を展開
PROTAC解析モジュールの特長
- リンカーによって結合された2つのリガンドを容易に解析
- SDFやSMILES形式の分子は簡単にインポート可能
- リガンドの配置により分子の向きが自動的に調整される為見やすい
- 各行で任意のデータでソート・値の着色可能
- R-Group TableとSubstituent Analysis Tableの追加が可能
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