JChem for SharePoint
SharePoint2013に化学機能を追加
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創薬ITプラットフォーム
SharePoint2013に化学機能を追加
今日の近代的な創薬組織において、Microsoft SharePoint は情報共有のインフラとして広く普及しています。SharePointを用いると、ユーザーは他者と情報共有の為のウェブサイトを立ち上げ、文書の作成開 始から完成までを管理し、全研究者が情報に基づくより良い意思決定を行う為にレポート等を公開することが出来ます。
Share Pointのサイトはページ、リストそして特定の目標達成の為のライブラリーにより構成されています。
サイトにはサブサイトを含めることができ、各サブサイトには更にサブサイトを含めることができます。
リストおよびライブラリーはシェアポイントのサイトに格納されます。また、リストは同じ種類の情報の集合体とらえることができます。
ライブラリーはSharePoint2013に蓄積されたファイルを参照する個々のアイテムのリストです。
WebパーツはSharePointのページに挿入できる機能セクションです。Web パーツを使ってテキスト、カレンダー、イメージ、ドキュメントライブラリ、他のWeb サイトへのリンクなどを表示させることができます。
ChemAxonは構造式のハンドリング、物性計算、構造検索をSharePoint内で可能にする化学情報処理の為のカスタムリストおよびWebパーツを提供します。
SherePointにおける構造式の管理
構造式のSharePointへのインポートとエクスポート
ChemAxon Import/Export Webパーツは、MOLファイルやSMILESなどの化学ファイルからカスタムリストへのインポートやエクスポート機能を提供します。さらに、画像、生物 学データ、テキストフィールド、化学名もまた、Webパーツを使ってインポート、エキスポートができます。ユーザーは、レビューやほかのドキュメントと共に解析をおこなう為に即座に公開可能なカスタムリストに数千の化学構造をインポートすることができます。Marvinを用いたSharePoint内での構造式描画
MarvinアプレットおよびActiveX OLE バージョンのMarvinはSahrePointのレイアウトと統合されているので、ユーザーは直感的にカスタムリストや他のブログ、ディスカッション ボード、Wikiなどに構造式を追加・編集したりコピー・ペーストしたりすることが可能です。
SharePointカスタムリストにおける構造の保管と検索
Structure Filter Webパーツはカスタムリストに化学構造による絞り込み機能を提供します。たとえ、数千行に上るカスタムリストであっても、SharePointに組み込 まれたChemAxonのエンタープライズJChemテクノロジーを用いて、ユーザーが定義した化学構造フィルターを適用することが出来ます。
クエリー構造はMarvinを用いて描画することができ、類似構造検索、部分構造検索、完全一致検索、スーパーストラクチャー検索などの複雑な構造検索であっても、StructureFilter Webパーツで実現できます。
また、構造検索の際は立体化学やTautomer（互変異性体）の考慮などを含む、ChemAxonの全ての先進的な構造検索オプションが利用可能です。データの特徴づけと解析カスタムリスト内におけるプロパティー計算
ChemAxon Calculated Fieldは各種物理化学的パラメータや分子パラメータ、その他の関連プロパティーの計算や予測をカスタムリスト内で可能にします。
本機能は、構造ベースの計算と定義に基づき、アプリケーションに化学インテリジェンスを追加できる「ケミカルターム（Chemical Term）」と呼ばれるChemAxonの提唱する言語を用いて設定します。
ケミカルタームはバックグラウンドで実行されており、ユーザーがリスト内の構造式を編集すると、全ての関連する計算結果が自動的に更新され、常にデータは正しく表示されます。
単独あるいは複数の構造式が既存のリストに追加されると、計算されたプロパティーが自動的に生成され、豊富なデータが即座に入手可能になります。
ケミカルタームは、pKa、logP、logDなどのプロパティー予測の関数を含む化学・数学関数、官能基の認識、コンフォマーの選択、リングや距離に基づくトポロジカル関数、その他の構造関数を提供します。SherePointにおける化学構造の命名
ChemAxonの命名エンジンが実装されており、IUPAC名やトラディショナルネームを生成することができます。逆にIUPAC名やトラディショナルネーム、CAS番号から構造式を生成することも可能です。フィルタリングとソーティング
ChemAxonの計算フィールドによって生成されたテキストや数値は新しいカスタムビューあるいはShrePointのビルトイン機能でソートしたり、フィルタリングしたりできます。結果はレポート作成の為のビジュアライゼーションWebパーツに表示されます。SharePoint内のコンテンツを構造式で検索可能に
JChem for SharePointはSharePoint内に保管されているあらゆるコンテンツに対して構造検索を可能にします。検索対象となるコンテンツは各種文書 (PDF、MSワード、パワーポイント)、EXCELファイル、 様々なフォーマットの化学構造ファイルで、OLE貼り付けの構造式はもちろん、IUPAC名やCAS番号、一般名なども構造検索の対象となります。検索の為のインデックス化は自動的に行われ、スピーディーに検索できます。JChem for SharePoint Searchはリポジトリマイニングや高度なナレッジマネジメントを可能にし、探索研究から臨床研究に至るまでの様々な過程で蓄積された情報を化学的な観点から調査することを可能にします。
検索結果はドキュメントビューとストラクチャービューの2種類のフォーマットで参照できます。ドキュメントビュー
- ヒット構造が含まれる文書のリスト
- 文書内で見つかったヒット構造の表示
- ヒット構造が含まれる部分の文書を表示
- 文書のタイトルをクリックすると文書が開きます
ドキュメントビュー
- ヒット構造のリスト
- ヒットが見出された検索方法の表示（類似構造検索or完全一致検索or部分構造検索）
- ヒット構造の詳細情報の表示
- 構造式をクリックするとその構造を含む文書を検索
ChemAxonのシェアポイントテクノロジー
