多くの化合物データベース（社内化合物、試薬カタログ情報など）は立体化学や互変異性体の情報が不完全な２D構造により構成されていますが、この為、これらの化合物を3次元化する際、いや応なく立体化学や互変異性の曖昧さを招きます。互変異性体や立体異性体のエニュメレーションはドッキングや３Dサーチ、３D-QSARなどのヴァーチャルスクリーニングへの適用に必須となります。
Stereoisomer Pluginは全ての立体異性体を計算します。本プログラムはテトラヘドラルと立体中心の2重結合の両方を取り扱います。エニュメレーションの際、エネルギー的に不可能なコンフォメーションは除去されます。
Tautomerization Pluginは互変異性体（Tautomer）を発生し、その後の処理に適した構造を選択できます。
分子中のある原子の非共有電子対、ラジカル電子あるいは形式電荷は移動することができます。この移行プロセスの結果が共鳴構造です。ChemAxonのResonance pluginは、安定した共鳴構造を含むすべての共鳴構造を生成します。